Após a denúncia, a oposição tentou criar uma CPI, que o governo lutou para não ser instaurada. Em nova reportagem, Jefferson ameaçou envolver o PT na CPI, dizendo que caso fosse ao banco dos réus, três petistas sentarariam junto: o ministro-chefe José Dirceu, Delúbio Soares, tesoureiro do PT, e Silvio Pereira, secretário-geral do partido.

CPIs
A crise se agravou no dia 6 de junho, quando Jefferson acusou o então tesoureiro do PT, Delúbio Soares, de organizar o pagamento de mesadas a parlamentares da base aliada, o "mensalão", em troca de apoio ao governo. O Congresso dá início, no dia 9 de junho, à CPI dos Correios e, depois, cria ainda a CPI do Mensalão e a dos Bingos. Começa a uma maratona de depoimentos e o governo, acuado, anuncia uma reforma ministerial como tentativa de "limpar" sua imagem. Neste meio tempo, o troca-troca inicia em Brasília.

As denúncias de corrupção se alastram a cada dia, com trocas de acusações sem provas entre parlamentares. As principais denúncias são de uso de caixa 2 envolvendo o PT, saques das contas do empresário Marcos Valério e uso indevido de verbas dos fundos de pensão. Um relatório conjunto das três CPIs pede o indiciamento de 18 parlamentares e deve ir a votação no Plenário apenas no ano que vem.

Resultados
Entretanto, nem todos os trabalhos tiveram sucesso. Após meses de trabalho, a CPI do Mensalão terminou em novembro por falta de assinaturas dos parlamentares para prorrogação dos trabalhos. Apesar de não reconhecer a existência do "mensalão", o relatório final afirmava que houve pagamentos à campanha presidencial do PT de 2002 e repasses "indevidos" a parlamentares.

Lula
Inicialmente a estratégia do Palácio do Planalto era a de que o presidente Lula não falasse sobre a crise. Mas com a pressão política e popular, o plano teve de mudar. Em 12 de agosto, Lula fez um pronunciamento em rede de rádio e TV afirmando que se sentia traído e indignado e pediu desculpas aos brasileiros. Em 7 de setembro, ele fez um segundo pronunciamento afirmando que as turbulências políticas não tirariam o rumo de seu governo.

As denúncias de corrupção abateram não só a avaliação do governo, mas atingiram diretamente a imagem do presidente Lula. Em outubro, uma pesquisa mostrou que a popularidade do presidente manteve uma tendência de queda e o prefeito de São Paulo, José Serra, ameaçava os projetos de reeleição do governo petista.