Nascido no seio de uma proeminente família de africânderes, cujo chefe foi um dos fundadores da Broederbond - organização secreta criada para preservar a hegemonia dos descendentes dos primeiros colonos holandeses -, Naudé foi rejeitado pelos seus acusado de liberalismo e "heresia".
Membro da Igreja Reformada Holandesa, como seu pai, o religioso debateu intensamente a crença de sua comunidade de que o apartheid era um desígnio divino e que as pessoas de cor tinham sido criadas para servir ao homem branco e não possuíam alma ou destino no seio de Deus.
Naudé, por suas firmes crenças teológicas, contrárias à discriminação e à opressão das pessoas de cor, foi isolado da família e da igreja em momentos em que a segregação racial florescia na África do Sul sob os governos de minoria branca.
Entre as dezenas de homenagens enviadas aos familiares de Naudé figura a de Nelson Mandela, antigo presidente sul-africano e prêmio Nobel da paz, que disse que o ativista tinha sido "um homem de grande bravura por ter enfrentado o apartheid em momentos em que esses feitos eram totalmente impopulares entre os brancos" e por ter feito tudo apesar de se "afastado de sua família e de sua liberdade".
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