José Serra foi o vencedor das eleições municipais em São Paulo com uma margem de 10 pontos percentuais de vantagem sobre a atual prefeita, Marta Suplicy (PT). Ele prometeu fazer um governo austero e disse que a alternância de poder é fundamental. Os tucanos venceram também em Curitiba (PR), Florianópolis (SC), Teresina (PI) e Cuiabá (MT), num total de cinco capitais. Outras cidades importantes que elegeram prefeitos do PSDB foram Sorocaba, Piracicaba e Ribeirão Preto, no interior de São Paulo.

O presidente do Partido dos Trabalhadores, José Genoino, lamentou as derrotas em Porto Alegre e São Paulo. "Tivemos um bom resultado em número de votos e em número de prefeituras. Toda eleição é um aprendizado, tiramos lições das vitórias e das derrotas", afirmou. Genoino também agradeceu à militância. Marta Suplicy usou a clássica palavra de ordem do PT, "a luta continua!", para expressar seus sentimentos sobre a derrota. "Democracia é isso", acrescentou a prefeita.

O PT elegeu João Coser para a prefeitura de Vitória (ES), Roberto Sobrinho em Porto Velho (RO) e Luizianne Lins em Fortaleza, mas perdeu prefeitura de Porto Alegre (RS), há quatro mandatos dominada pelo partido, para José Fogaça (PPS). A grande vitoriosa do PT foi Luizianne Lins, em Fortaleza, abandonada pela direção nacional do partido no primeiro turno. Mesmo sem apoio, Luizianne ultrapassou o candidato do PCdoB, a quem o PT havia favorecido, foi para o segundo turno e se elegeu prefeita com uma vantagem de mais de 12 pontos percentuais sobre Moroni Torgan (PFL). Em Belém, tradicional reduto do partido, a candidata do PT perdeu.

Cidades de médio porte
Em Campinas, o candidato petista nem mesmo foi para o segundo turno, que é disputado pelo tucano Carlos Sampaio e pelo pedetista Dr. Hélio. O PSDB também venceu em Sorocaba e em Ribeirão Preto, onde o candidato do ministro da Fazenda, Antonio Palocci, não conseguiu ir para o segundo turno. Em Diadema, Santo André e Osasco, na região metropolitana de São Paulo, os candidatos petistas foram eleitos, mantendo a posição forte do partido na região. Em Santos, o candidato do PMDB bateu a candidata petista por menos de 2 mil votos.

Nas duas maiores cidades do interior gaúcho, Caxias do Sul e Pelotas, os petistas também não conseguiram reeleger prefeitos. No Rio de Janeiro, o partido venceu em Nova Iguaçu e Niterói. O PSDB perdeu a eleição por pouco em Juiz de Fora, interior de Minas Gerais. Já em Contagem, região metropolitana de Belo Horizonte, o PT seguiu o bom desempenho de João Henrique na capital e elegeu Marília Campos. Em Uberlândia, o candidato do ex-ministro Anderson Adauto, João Bittar, perdeu a prefeitura para o candidato do PTB.