O rebanho de cabras - que chega a 300 mil animais na Ilha Isabel - é mais difícil de controlar, enquanto para os ratos se aplicam campanhas de desratização e de controle em áreas de ninhos. Eliecer Cruz, que nasceu nas Ilhas Galápagos, apontou que a principal ameaça para o ecossistema terrestre das 13 ilhas que compõem o arquipélago de Galápagos reside nas espécies exóticas usadas pelo homem a partir de 1835, quando começaram a chegar à região baleeiros e piratas.
Entre elas, além de cabras e ratos, citou burros, cavalos e insetos, que afetam à nidificação das aves, especialmente aos petreles. Apontou que a incorporação do homem às ilhas exerce mais pressão sobre o ecossistema e os recursos naturais sobre os que se sustenta. Cruz afirmou que no começo do século XIX existia uma população de 500 mil a 600 mil tartarugas gigantes, que há 25 anos caiu radicalmente e, depois de um processo de criação em cativeiro, atualmente são aproximadamente 30 mil exemplares.
A ameaça para as espécies marinhas provém sobretudo da pesca ilegal, assim o biólogo explicou que embarcações de tripulação asiática exaurem a população de tubarões na busca de barbatanas. No entanto, desde 1998 se declarou reserva marinha uma zona de 137 mil quilômetros quadrados, a maior do mundo, que está vigiada pelo sistema de controle do Parque Nacional e a Marinha do Equador. Além disso todo o arquipélago de Galápagos foi convertido em Parque Nacional em 1969 e é Patrimônio da Humanidade, Reserva da Biosfera e Santuário de Baleias.
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