Julho de 2007 - Um avião da companhia Pantanal derrapou na pista do Aeroporto de Congonhas no dia 16 de julho de 2007. A aeronave, que chegava de Araçatuba, invadiu o canteiro central entre a pista principal e a auxiliar.

Julho de 2007 - As asas de aviões da TAM e Gol se chocaram em solo no dia 24 de junho, antes da decolagem.

Janeiro 2007 - Uma lâmina d'água obrigou o piloto de um Boeing 737 da Varig a realizar uma freada mais brusca durante a aterrissagem. Não houve feridos.

Março de 2006 - Um Boeing da BRA, com 115 passageiros, deslizou na pista principal do aeroporto e parou a poucos metros de avenida Washington Luís.

Outubro de 1996 - O Fokker 100 da TAM caiu no bairro do Jabaquara, em São Paulo, logo depois de decolar do aeroporto de Congonhas. O vôo 402 - como ficou conhecido - tinha como destino o Rio de Janeiro. Entre os 99 mortos estavam 90 passageiros, seis tripulantes, e três pessoas que foram atingidas no solo.